Kondisi terumbu karang ini penting bagi kehidupan ekosistem laut, karena merupakan rumah dan tumpuan hidup dari ikan-ikan karang dan biota laut lainnya. Oleh karena itu, terumbu karang perlu dijaga kualitasnya. Selain juga proses pertumbuhannya yang memakan waktu puluhan sampai ratusan tahun.

Ada beberapa tempat di Indonesia yang merupakan rumah bagi terumbu karang Indonesia, yang keberadaan dan kondisinya cukup menarik perhatian :

1. Karang otak besar (Giant Braincoral).

Teluk Buyat, di Kabupaten Mongondow Timur, Sulawesi Utara memiliki gugusan terumbu karang yang cukup baik. Bahkan salah satunya terdapat giant braincoral, yang ukurannya menjadi salah satu yang terbesar di dunia, yaitu sekitar tinggi 8 meter. Padahal ukuran normal hanya 2 meter.

Dinamakan karang otak, karena bentuknya yang menyerupai otak atau labirin. Karang otak (Diploria labyrinthiformis) tumbuh sekitar 3,5 milimeter/tahun, dengan diameternya dapat mencapai 2 meter. Selama tahap larva planktonik, karang ini dapat bergerak. Setelah itu, menjadi sesil atau menetap secara permanen.

Spesies ini merupakan hewan penyaring, dan bertahan hidup memakan zooplankton dan bakteri. Makanan ini ditangkap oleh polip dengan tentakel. Polipnya memiliki nematosista yang dapat menangkap mangsa. Mangsa kemudian diangkut ke mulut dengan bantuan lendir dan silia. Diploria labyrinthiformis adalah hermafrodit. Hewan ini mengeluarkan telur yang dibuahi oleh sperma di dalam polip, diikuti oleh pengeluaran larva.

2. Keberagaman jenis karang tertinggi di dunia.

"Menjadi pusat segitiga karang dunia, Indonesia memiliki kekayaan jenis karang paling tinggi yaitu 569 jenis dari 82 marga dan 15 suku dari total 845 jenis karang di dunia," kata Prof. Dr. Suharsono, peneliti senior Pusat Penelitian Oseanografi LIPI, dalam rilis tentang kondisi teranyar terumbu karang di Indonesia pada 2017.

Sebagai contoh jenis karang meja Acropora di Indonesia mencapai 94 jenis dari total 124 jenis. Atau dapat dikatakan sekitar 70 persen karang Acropora ditemukan di Indonesia. Sedangkan di perairan Karibia, hanya ditemukan tiga jenis karang Acropora.

Begitu juga jenis karang famili Fungiidae, ditemukan 41 jenis dari total 43 jenis yang ada di dunia atau sekitar 90 persen tersebar di perairan Indonesia. Jenis-jenis karang endemik yang ditemukan di perairan Indonesia antara lain Acropora suharsonoi, Isopora togeanensis, Acropora desalwi, Indophyllia macasserensis dan Euphyllia baliensis.

Jenis karang dengan sebaran terbatas dan merupakan share stock dari Samudera Hindia dan Samudera Pasifik juga ditemukan di perairan Indonesia antara lain Acropora kasuarini, Acropora rudis dan Acropora turtuosa.

Acropora ini berciri khas seperti umumnya dilereng karang; banyak dijumpai pada kedalaman 15-35 meter; sebagian besar bergantung pada cahaya untuk makan; koloni berbentuk datar tipis dan struktur halus dipermukaan; berwarna umumnya coklat, hijau, merah muda; serta berasal dari perairan Indonesia dan Indo-Pasifik.

Hasil pengukuran terkini melalui pemetaan citra satelit, luas terumbu karang Indonesia mencapai 25.000 km2 (COREMAP-CTI LIPI, 2016) atau sekitar 10 persen dari total terumbu karang dunia (luas 284.300 km2) dan penyumbang terbesar sekitar 34 persen dari luas terumbu karang di wilayah segitiga karang dunia (luas 73.000 km2).

3. Pemutihan karang (coral bleaching) di Indonesia.

Pemutihan karang terjadi ketika zooxanthella keluar dari karang karena penyebab utama naiknya suhu laut, yang ditandai dengan memudarnya warna seluruh karang menjadi putih. Pada tingkat lanjut memutihnya karang ini akan diikuti oleh kematian karang.

Zooxanthella adalah mikroalgae dari kelompok dinoflagellata yang hidup sebagai simbion didalam jaringan endoderm karang. Koloni karang menjadi putih ketika ditinggalkan oleh zooxanthella karena warna karang ditentukan oleh pigmen yang ada di dalam zooxanthella. Zooxanthella tidak hanya hidup dijaringan karang keras tetapi juga hidup di karang lunak, zoanthid dan anemone serta di tridacna (kerang kima). Sehingga bila terjadi bleaching tidak hanya karang keras yang memutih tetapi semua hewan yang bersimbiosis dengan zooxanthella.

Bleaching sendiri hampir tidak mungkin dicegah karena terkait massa air laut yang hangat yang dibawa oleh pola arus dan menghantam terumbu karang. Namun dari pengalaman menunjukan bahwa kondisi terumbu karang yang baik dengan persentase tutupan karang hidup diatas 50 % akan lebih tahan terhadap tekanan kondisi panas atau kejadian bleaching. Sedangkan terumbu karang dengan kondisi buruk dibawah 15% bila terjadi bleaching akan punah.