BETAHITA.ID -  Pusat Penelitian Bioteknologi, Pusat Penelitian Biologi, dan Pusat Penelitian Informatika LIPI berhasil mengurutkan sekuens genom utuh atau Whole Genome Sequencing (WGS) dari dua sampel virus SARS-CoV-2 penyebab COVID-19 dari Indonesia. Ini merupakan WGS pertama di Indonesia yang menggunakan teknologi Oxford Nanopore.
 
Hasil sekuens telah diajukan oleh LIPI pada Selasa, 25 Agustus 2020, di Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), sebuah lembaga bank data yang saat ini menjadi acuan untuk data genom virus SARS-CoV-2.

Baca juga: Uji Klinis Imunomodulator Herbal LIPI untuk Covid-19 Selesai
 
“Virus penyebab COVID-19 memiliki genom yang berukuran sebesar kurang lebih 29,8 – 29,9 kb. Rangkaian materi genetik pada genom tersebut dapat diperoleh urutan basanya melalui WGS,” kata Anggia Prasetyoputri, salah seorang peneliti Drug Discovery and Development Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI.
 
Anggia menjelaskan virus SARS-CoV-2, seperti halnya virus lainnya, memiliki kemampuan untuk bermutasi dengan cepat. “Mutasi yang terjadi pada basa nukleotida dapat menyebabkan perubahan atau mutasi pada asam amino yang disandinya,” katanya seperti dikutip laman LIPI, 29 Agustus 2020.
 
Pengetahuan mengenai kode genetik virus yang diperoleh melalui WGS akan memberikan informasi lebih lanjut mengenai variasi genetik virus, termasuk mutasi apa saja yang dimiliki dan potensi dampak terhadap keganasan dan penularannya. "Termasuk juga untuk pengembangan vaksin yang lebih sesuai untuk masyarakat Indonesia,” katanya.
 
Teknologi Oxford Nanopore

Oxford Nanopore menggunakan prinsip kerja lubang berskala nano. “Perangkat Oxford Nanopore melewatkan arus ionik melalui pori-pori nano dan mengukur perubahan arus saat molekul biologis melewati pori-pori tersebut,” kata Ratih Asmana Ningrum, Kepala Laboratorium Biosafety Level-3 Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI.
 
Ratih menjelaskan, informasi tentang perubahan arus dapat digunakan untuk mengidentifikasi molekul. “Jika untai DNA dilewatkan melalui nanopore, terjadi perubahan arus saat basa G, A, T dan C melewati pori dalam kombinasi yang berbeda," katanya.

Menurutnya, pengukuran arus tersebut menjadi dasar penentuan urutan basa dalam suatu sekuens. “Tentu saja diperlukan pengolahan data secara bertahap sehingga dapat diperoleh urutan genom lengkap dari  suatu organisme,” katanya.
 
Menurut Ratih, platform Oxford Nanopore ini memiliki banyak keunggulan, antara lain waktu pengerjaan cepat dan fleksibel, instrumen bersifat portabel dan berukuran mini serta harga instrumen rendah. “Namun, penggunaan platform ini  masih sangat terbatas. Salah satu faktor pembatasnya adalah kurangnya sumber daya manusia yang terampil dalam menggunakan teknologi tersebut,” ungkapnya.
 
Ratih menegaskan, LIPI mendorong penguasaan teknologi tersebut untuk membantu menghasilkan data genom virus SARS-CoV-2 lebih cepat sehingga Indonesia memiliki lebih banyak informasi genom virus yang sangat dibutuhkan di masa pandemi ini.