Sampel DNA dikumpulkan dari ribuan kotoran simpanse sebagai bagian dari Program Pan Afrika di 48 lokasi di Afrika bagian tengah dan barat. Sampel tinja adalah cara untuk mempelajari spesies yang terancam punah karena memungkinkan pengumpulan yang luas dengan gangguan minimal pada hewan.

Tetapi mereka juga menghadirkan tantangan teknis karena sampel ttinja hanya mengandung sejumlah kecil DNA inang.

Tim menerapkan teknik pengurutan DNA baru yang disebut ‘target capture’ yang pertama kali digunakan untuk mempelajari Neanderthal yang jasadnya telah terdegradasi selama ribuan tahun.

Hal ini memungkinkan peneliti untuk menemukan 50 persen lebih banyak varian pada kromosom tertentu, nomor 21, daripada yang telah ditemukan sebelumnya. Kesimpulannya aliran gen masa lalu antara populasi simpanse dan menutup kesenjangan pemahaman ilmiah.

Sebelumnya, hanya 59 genom simpanse utuh yang telah diurutkan, terutama dari hewan penangkaran dengan informasi terbatas tentang asal-usulnya.

Migrasi kompleks

Sama seperti manusia, simpanse memiliki sejarah migrasi yang kompleks, dan penelitian baru memungkinkan para ilmuwan untuk mengintip kembali 100.000 tahun terakhir pada tingkat detail yang baru.

"Ada banyak perdebatan tentang apakah empat subspesies simpanse benar-benar menyimpang satu sama lain atau apakah ada aliran gen yang terus-menerus di antara mereka," kata rekan penulis Mimi Arandjelovic dari Institut Max Planck untuk Antropologi Evolus.

Peneliti, kata dia, dapat menunjukkan variasi yang sangat tua dan lebih baru bahwa sejarah simpanse kompleks, seperti halnya spesies manusia.

Tim mengetahui bahwa subspesies simpanse dipisahkan di masa lalu, tetapi juga mengalami periode pertukaran genetik. Temuan ini membantu menjelaskan mengapa penelitian sebelumnya yang mencoba merekonstruksi sejarah evolusi simpanse menghasilkan kesimpulan yang berbeda.

Mereka menemukan hambatan geografis seperti danau dan sungai juga menciptakan hambatan genetik antara subspesies serta antar komunitas, dan menemukan wawasan baru tentang periode ketika simpanse kawin silang dengan bonobo.

Hal terpenting, mereka mengkonfirmasi ada konektivitas tingkat tinggi antara simpanse di kawasan barat, menggarisbawahi kebutuhan untuk melestarikan hubungan antara hutan di Afrika Barat.

Fontsere menjelaskan peta genetik dapat membantu menentukan dari mana simpanse yang diperdagangkan secara ilegal berasal.

Meskipun memperkenalkan kembali simpanse ke alam liar adalah tugas yang berat karena struktur sosial hewan yang kompleks, penelitian menunjukkan bahwa mereka lebih baik jika ditempatkan di suaka di dekat tempat asalnya.

"Ini dapat membantu penegak hukum untuk melihat rute yang lebih mungkin, kami dapat melacaknya kembali," kata Fontsere.

Para peneliti berharap memperbaiki peta genetik dengan lebih banyak sampel. Keberhasilan pemetaan ini membuktikan bahwa DNA tinja adalah pilihan yang layak dan da mereka juga berharap memperluas penggunaannya untuk mempelajari primata lain.